Niedaleka przyszłość. Cyborg o ludzkim mózgu Motoko Kusanagi (Scarlett Johansson) przewodzi Sekcji 9, tajemniczej organizacji do spraw walki z cyberprzestępczością. W rzeczywistości opanowanej przez zagrażające ludzkości cyborgi największym niebezpieczeństwem jest "ghost hacking" - przejęcie kontroli nad umysłem. Przy czym przestrzeń "Ghost" ma tu wymiar filozoficzny - jest istotą człowieka w zcyborgizowanych humanoidach.